【体験談】NISAで保有していた株が上場廃止になったら税金は？非課税か調べた結果

こんにちはYoshiです。

今回は実際に私が保持している株が上場廃止になった時の体験談を紹介します。

東京個別指導学院（4745）が株式会社ベネッセホールディングスの完全子会社化、及び株式非公開化により上場廃止になることが発表されました。（うっかり見落としていましたw）

私自身、楽天証券のNISA口座で100株保有しているため、

売却できなくなるの？
強制的に現金化される？
NISAでも税金はかかるの？

という点を、公式資料ベースで調べました。

この記事では、その結論をシンプルにまとめます。

Contents

上場廃止の通知
上場廃止の概要（公式資料より）
結局廃止後どうなる？
端数株の買取価格はいくら？
1. 例：私の場合
上場廃止日(1/8)以降は売却できる？
【重要】NISAで保有している場合、税金はかかる？
1. 上場廃止「前」までのNISA口座内取引は非課税
2. 上場廃止「後」はNISA口座に保有できない
想定される2つのパターン
1. ① NISA口座 → 株式併合 → そのまま現金交付
2. ② NISA口座 → 一般口座へ払出 → 強制買取（金銭交付）
  1. この場合の税金は？
実際の公式見解・過去事例
まとめ

上場廃止の通知

元々、東京個別指導学院の株は株主優待の為、100株購入して保持していましたが、優待は廃止され、株価も購入時より落ちたので放置していました。

NISAの非課税が切れるから今年こそは売却しようと整理していたところで、1月8日に楽天証券のアプリから「上場廃止されました」とスマホに通知がありました。

早速Googleで下記の資料を発見し、今回の記事をまとめています。

当社株式の上場廃止のお知らせ 2026年1月7日

上場廃止の概要（公式資料より）

上場廃止日：2026年1月8日
理由：株式併合による完全子会社化
株式併合比率：3,361,080株 → 1株
端数株の扱い：併合後、一般株主の株は1株未満になり、会社がまとめて現金で買い取る

公式資料：株式併合及び定款の一部変更に係る承認決議に関するお知らせ（2025年12月8日）

結局廃止後どうなる？

今回の上場廃止は、株式併合でスクイーズアウトで処理されます。

取引・ルール | NISA/新しいNISA:楽天証券

楽天証券のNISAでのお取引に関するルールをご案内いたします。

併合比率
当社株式について、3,361,080 株を１株に併合いたします。

3,361,080株以上保持していないと1株未満になり強制的に売却されます。

当該１株未満の端数に相当する数の株式については、当社株式が 2026 年１月８日をもって上場
廃止となり、

端数株の買取価格はいくら？

公式資料および開示によると、1株あたり約450円で現金が支払われる予定です。

例：私の場合

保有株数：100株
受け取り見込み額：450円 × 100株 = 約45,000円

※ 最終金額は裁判所許可後に確定しますが、大きく変わる可能性は低いと考えられます。

上場廃止日(1/8)以降は売却できる？

できません。

2026年1月7日まで：市場で売却可能
2026年1月8日以降：売却不可（上場廃止）

ただし、売却できなくても自動的に現金化される流れになります。

【重要】NISAで保有している場合、税金はかかる？

結論：2026年1月8日現在の情報では「ケース次第」。

理由は以下の通りです。

株式併合による端数株の買取りは、税務上「株式の譲渡（売却）」とみなされる
上場廃止前までのNISA口座内の譲渡益は非課税
強制的な買取りでも同じ扱い
上場廃止日時点の時価で一般口座に払い出される

上場廃止後に株式併合 → 強制的に金銭交付となる今回のケースは２つのシナリオが考えられます

①NISA口座のまま非課税で完結するケース

②一般口座に払い出され課税対象になる可能性があるケース

「どのタイミングでNISA口座から払い出されるか」が課税判定の分かれ目になるためです。

ここでキーになるのが上場廃止前までの取引は非課税、廃止日後は一般口座に払出される？

NISA口座から払い出された場合、払い出した時の時価（最終売買日の終値）が取得価額となります。

上場廃止「前」までのNISA口座内取引は非課税

上場廃止が決定していても最終売買日までにNISA口座内で売却した利益は非課税
これは楽天証券を含め、各証券会社で明記されています

上場廃止「後」はNISA口座に保有できない

上場廃止日を迎えると、

NISA口座では上場廃止銘柄を保有できない
上場廃止日時点の時価で一般口座へ払い出しされる

この点は、**日本証券業協会（JSDA）**でも明確に示されています。

想定される2つのパターン

① NISA口座 → 株式併合 → そのまま現金交付

NISA口座内で完結
譲渡益は非課税
税金ゼロ・確定申告不要

このケースになってくれるのが理想ですが、今の情報から推測すると可能性は低いと思われます。

② NISA口座 → 一般口座へ払出 → 強制買取（金銭交付）

上場廃止日に一般口座へ移管
払い出し時の時価（最終売買日の終値）が「取得価額」になる
その後に交付される金銭との差額が譲渡益

この場合の税金は？

払い出し時価と買取価格が同額 → 利益0円 → 課税なし
差額が出た場合 → 課税対象（原則、確定申告が必要）

仮に払出が450円の場合、NISA → 一般 → 強制買取 450円の場合の利益は0円なので実質税金はかからないと考えていいと思われます。

実際の公式見解・過去事例

上場廃止＋株式併合のFAQ事例（株式会社エージーピー）

上場廃止日時点で株式はNISA口座から一般口座に振り替えられる
端数株処分代金で譲渡益が発生する場合は課税対象

NISA口座で保有していますが、なにか手続きが必要ですか？
2025年9月26日(金)の最終売買日まで、これまで通り東京証券取引所スタンダード市場で売買することが可能です。
なお、株式併合まで NISA口座で保有し、端数株処分代金を受け取られる場合、2025年9月29日(月)の上場廃止日の時点で、株式はNISA口座から一般口座に振り替えられることとなります。
このため、端数株処分代金で譲渡益が発生する場合は、課税対象となります。
株式併合・非公開化に関するFAQ – 株式会社エージーピー

株式併合・非公開化に関するFAQ - Airport Ground Power

株式併合・非公開化に関するFAQ 株式併合について今回の「株式併合」はどのような内容ですか？ 2025年6月

SMBC日興証券の公式回答

個人株主がスクイーズアウトで金銭交付を受けた場合

NISA口座でも上場廃止により払い出し
払出し時価が取得価額
金銭交付額との差額が譲渡益なら課税

個人株主が公開買付けに応募せず、その後のスクイーズアウトにより上場廃止後に金銭交付を受けた場合、税金はどうなりますか。
特定口座やNISA口座で株式を保有している場合でも上場廃止に伴って当該口座から払い出されるため、特定口座やNISA口座内での譲渡とはなりません。なお、NISA口座から払い出された場合、払い出した時の時価（最終売買日の終値）が取得価額となります。
したがって、上場廃止後に交付された金銭の額と取得価額との差額が譲渡益となる場合には、原則として確定申告が必要になります。
SMBC日興証券